随着我国城乡经济社会格局的变化，尤其是农地三权分置改革之后，农村双层经营体制的内涵有了新的拓展：一是“农户分散经营”的经营方式出现了衍生形态，现阶段的“农户分散经营”是一种以土地经营权为依托、以土地配置效率提高为导向的“权利”经营方式，即农户可以选择自己经营承包的土地，也可以选择保留承包权、出让经营权；二是“农户分散经营”的不同方式存在着共存共生关系，双层经营体制既延续了此前的“集体统一经营—农户分散经营”的制度框架，又派生出农户经营新形态即小农户与新型经营主体并存；三是“集体统一经营”的实现机制出现了重要转化，集体统一经营中的“集体”主要指“村两委”等行政组织，但也包括农民合作社等经济组织，“经营”则从土地发包延伸至土地利用监督、产业融合转型、公共产品供给等领域；四是农村不同主体之间的经济关系和利益结构出现了多元化，不同主体的经济关系突破了“集体—农户”的简单格局，并逐步转向集体组织、土地承包者、土地实际使用者之间的利益结构。

20世纪70年代末80年代初，我国农村发生了人民公社制向家庭联产承包责任制的变迁。与此相伴随的是，农村经营体制也从集体拥有土地并实施统一经营的单一方式，转变为集体统一经营和农户分散经营相结合的方式，双层经营体制随即成为农村经济领域的基本制度安排。这一安排在1983年、1984年、1986年的中央一号文件中分别被表述为“联产承包制采取了统一经营和分散经营相结合的原则”“完善统一经营和分散经营相结合的体制”和“完善统一经营与分散经营相结合的双层经营体制”。1999年宪法修正案则明确规定“农村集体经济组织实行家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制”。显然，双层经济体制伴随着农村经济体制改革而出现，其实质是在坚持土地集体所有制的前提下，依靠农民家庭向集体承包土地并获得承包经营权，来实现集体统一经营和农户分散经营两者的并存、互补和结合。集体拥有土地、农户承包土地是农村实施双层经营体制的制度基础，集体统一经营体现为集体拥有土地发包权，且部分集体通过村办企业等开展经营活动；农户分散经营则体现为农户承包土地并直接经营土地，农户主要从事种植业和养殖业等生产活动。

相对于单一的集体经营方式，双层经营体制激活了农户这一微观主体，赋予了农户在承包地上的经营自主权，激励农户从增加收益出发开展经济活动，由此极大地提高了经济效率，解放和发展了农村生产力，并为更大范围的改革提供了稳定的社会基础。然而，伴随着经济社会的发展，双层经营体制面临的实践背景正在发生变化，例如：农村劳动力大规模的非农化转移，特别是外出农民工的跨地区流转，导致农民与承包土地之间的稳定关系被打破，农民承包土地且直接经营土地的传统固定方式出现了变化；城乡居民在收入提高的前提下出现了消费结构的转化，对农村产品的需求从食品数量主导转向食品数量、食品品质、生态文化多元并重，这需要农业产业形态、供给方式和组织体系发生相应的变革；在城乡要素流动性和农村产业多样化增强的前提下，农村集体的经济功能需要重新审视，集体经营的范围、方式及收益分配也需动态调整。概括地说，随着城乡经济社会格局的变化，农村双层经营体制的内涵有了新的拓展，进一步释放农村活力并助推城乡一体化进程，首先需要理解和把握这一新内涵。2019年的中央一号文件《中共中央、国务院关于坚持农业农村优先发展做好“三农”工作的若干意见》中明确提出，“坚持家庭经营基础性地位，赋予双层经营体制新的内涵”，就体现出对社会实践变动的积极回应。

现阶段的农村双层经营体制，具有如下四重新的内涵：

一是“农户分散经营”的经营方式出现了衍生形态。在双层经营体制下，我国农户的分散经营长期表现为农户承包土地之后直接经营土地，并在承包地上从事以食品供给为主导的农业生产活动。现阶段，农村劳动力的非农化流转和城乡居民消费结构变动，导致农户承包土地之后的经济行为出现了多元化，农户分散经营的方式也出现了衍生形态。农户承包土地之后可以直接经营土地，也可以在保留承包权的前提下流转土地经营权，借以实现土地经营权的社会化、市场化配置；农户承包土地之后可以从事种植业和养殖业，也可以从事法规允许的、契合城乡居民消费需要的、带有新型服务业性质的涉农融合产业。以农村土地流转和产业形态演变为前提，农户分散经营方式出现了专业大户、家庭农场、农民合作社、公司+基地+农户等新型经营主体。这意味着“农户分散经营”这个概念被大大拓展了，此前的“农户分散经营”是指农民以家庭为单位分散化从事土地经营，是一种以承包地为依托、以农产品生产为导向的“实物”经营方式。现阶段的“农户分散经营”则是一种以土地经营权为依托、以土地配置效率提高为导向的“权利”经营方式，即农户可以选择自己经营承包的土地，也可以选择保留承包权、出让经营权。

二是“农户分散经营”的不同方式存在着共存共生关系。改革开放初期，几乎所有的农户均在各自的承包地上从事农业活动，双层经营体制集中体现为集体和农户之间的关联关系，农户内部的结构特征未进入双层经营体制的范畴之中。现阶段，伴随着农地“三权分置”的实施，农户的经济行为出现了显著的分化趋势，并形成了两类农户：一是小农户，即在承包土地之后仍直接经营土地的微观主体，其经营规模小且主要使用家庭内部的要素；二是新型经营主体，即通过土地流转流入土地的微观主体，其经营规模大且更多使用家庭外部的要素。考虑到城乡要素流动的渐进性以及土地的经济社会功能，小农户仍在农村微观主体中占据绝大部分，但新型经营主体在要素整合和市场参与过程中具有比较优势，其发展速度较快且空间差异明显，小农户和新型经营主体既存在产品和市场的竞争关系，也存在着要素供求、基础设施供给等方面的互补关系，不同主体的共存共生正在成为农村经济活动的新趋势。基于此，双层经营体制就包括了“集体—农户”之间的结构特征以及农户内部的结构特征，表现为既延续此前的制度框架又派生出农户经营新形态：“集体统一经营—农户分散经营”的制度框架，以及农户内部的“小农户—新型经营主体”的结构。

三是“集体统一经营”的实现机制出现了重要转化。集体统一经营是农村双层经营体制的重要组成部分。这里的“集体”通常指以“村两委”为代表的行政组织，“统一经营”表现为集体拥有土地所有权，并通过土地发包影响农户的经济行为，也表现为集体组织利用土地等生产资料直接从事经营，其经营收益分配给农民或用于公共产品供给。前者是统一经营的“常规动作”或普遍状态，后者要求集体领导具有“企业家才能”，因此是统一经营的“自选动作”且存在着显著的地区差异。现阶段，我国农村“集体统一经营”出现了若干新变化，其实现机制也出现了重大转化，结果是丰富和发展了“集体统一经营”的经济属性。主要体现为：集体除了土地发包之外，还必须强化村级土地规划和整治，强化土地承包权和经营权的界定，强化土地利用状态的监督，即从针对承包户的“土地发包”延伸到针对土地流出户的“土地发包”和土地流入户的“利用监督”，延伸到针对小农户和新型经营主体的公共产品供给。农村经营主体的多元化通常伴随着产业形态的多样化，即农村出现了农家乐、民宿、田园综合体等新型服务产业，由此，“集体统一经营”还意味着集体的范围得到了拓宽，集体领导在整合本地资源、争取政策支持、对接市场需求、推动产业融合等方面发挥着重要的“枢纽”作用，农户则通过让渡耕地经营权、宅基地使用权等获得股权与红利。上述格局意味着“集体统一经营”中集体和集体领导的经济功能将进一步凸显，“村两委”作为农村行政组织，因双层经营体制出现新形态而被赋予更多的经济职能。除行政组织之外，农民合作社等集体经济组织在农村发展中将扮演更重要的角色，在这些组织中，集体和农民之间可因土地经营权、资金、技术入股等而形成新型股份关系。

四是农村不同主体之间的经济关系和利益结构出现了多元化。市场化改革既意味着资源配置方式的变迁，也意味着不同主体之间经济关系和利益结构的变迁。改革开放初期，农村双层经营体制界定了集体和农户间的权利边界及关联方式，农民从集体那里得到较为充分的土地承包经营权，并获取土地经营结果的剩余索取权，这种经济关系和利益结构是较为简单的。伴随着集体统一经营、农户分散经营的内涵拓展，双层经营体制中不同主体间的经济关系日益复杂，利益结构也呈现出显著的多元化态势。比如，农户承包土地但转出经营权，由此就派生出“土地流出户—土地流入者”之间的经济关系，它涉及土地所有权、承包权、经营权之间的结构问题，不同主体以土地承包合同、流转合同来界定权利边界。在这种界定中既涉及依附于土地承包关系的租赁权，也涉及依附于土地流转关系的抵押权。就农户内部的结构特征而言，小农户与现代经营主体并不是相互割裂的，它们往往因产品、要素、信息、服务等供求而存在着经济联系，并依托股份合作、农户+合作社、农户+公司等而形成利益联结。可见，现阶段的双层经营体制不仅需要在“集体—农户”之间考虑承包关系的稳定问题，而且需要在小农户和现代经营主体之间关注两者的有机衔接、利益分享问题。

概括起来，我国农村双层经营体制的实践背景发生了深刻变化，这种经营体制的内涵被赋予了许多新内容：与土地流转相伴随，农户分散经营开始从“实物”经营拓展至“权利”经营；小农户和现代经营主体并存使农户内部的结构特征凸显，双层经营体制在延续此前制度框架的基础上派生出新形态；集体统一经营中的“集体”主要指“村两委”等行政组织，但也包括农民合作社等经济组织，“经营”则从土地发包延伸至土地利用监督、产业融合转型、公共产品供给等领域；不同主体的经济关系突破了“集体—农户”的简单格局，并逐步转向集体组织、土地承包者、土地实际使用者之间的利益结构。

改革开放初期，我国通过实施双层经营体制发展了农村生产力，现阶段双层经营体制出现了内涵拓展，其新内涵具有深厚的实践基础。这种内涵转变的逻辑是立足于城乡经济社会的变迁，在不改变“集体统一经营—农户分散经营”的前提下，赋予城乡微观主体更为充裕的经济自主权，更充分地发挥市场在城乡要素配置中的决定性作用，特别是使农民可依据自身条件选择土地等要素的配置方式，以此推动城乡要素的双向流动和农村产业融合，稳步提高城乡要素配置效率和农民收入水平。就支撑条件而言，我国必须通过法律完善、流转市场发育等举措推进农地的“三权分置”改革，为不同主体参与农村经济活动提供更稳定的预期；必须提高农民人力资本，加快形成一大批新型职业农民，重视农村集体领导在产业融合发展中的枢纽作用；必须加快农村信息化进程，补齐农村生产性和生活性基本公共产品短板，降低要素下乡和农村要素再组合的制度成本；必须通过完善绩效考核和财政体制改革，激励地方政府针对农村经济开展自发实验和本地探索，助推我国加快形成城乡经济社会一体化新格局。